Desde el comienzo de la vida espiritual de Maharaja en ISKCON, Srila Prabhupada decidió mostrarle especial atención y favor. Al ver las dobles calificaciones de Maharaja como científico Vaishnava y Manipuri Vaishnava, Srila Prabhupada lo entrenó personalmente en "ciencia espiritual" y le dio gran importancia a su trabajo científico, y también lo instruyó para fortalecer la conciencia de Krishna en Manipur. Era querido por los devotos por sus cualidades santas y su poderoso sankirtana, y por sus discípulos sirvió como su padre espiritual y amigo eterno. Srila Prabhupada prestó especial atención a Sripada Maharaja, incluso hasta sus últimos días en Vrindavana en noviembre de 1977. A veces se refería a Sripada Maharaja cariñosamente como "Nuestro Dr. Svarupa Damodara" y "nuestro científico, Svarupa Damaodara", y allí Fueron horas de conversaciones entre Prabhupada y Sripada Maharaja. Sri Srimad Bhakti Svarupa Damodara Maharaja dedicó su vida a cumplir la orden de Srila Prabhupada de difundir la conciencia de Krishna en todo el mundo, especialmente a través del Instituto Bhaktivedanta. Maharaja trabajó incansablemente para publicar literatura, desarrollar relaciones con científicos líderes y organizar elaboradas conferencias que reunieron a la comunidad científica para escuchar el mensaje de la Conciencia de Krishna en un idioma que pudieran apreciar. Mientras hacía eso, simultáneamente estableció la Conciencia de Krishna en su estado natal de Manipur. Incluso a una edad avanzada, viajaba por el mundo asistiendo a conferencias, conociendo a los mejores científicos, predicando en los templos y programas de ISKCON. Dejó este mundo mortal en 2006 en Calcuta, el lugar de nacimiento de Srila Prabhupada.